思いついた順に箇条書きします。

〇試合時間

NBA：12分×4Q=48分
FIBA：10分×4Q＝40分
延長は両方とも5分です。

NBAの方が合計8分長いです。

〇公認ボール

実は両方とも同じ円周74.9cm～75.9cmで作られています。
NBA：円周74.9cm~75.9cm
FIBA：円周74.9cm~78cm
1990年代まではFIBAが3cmもムラがありましたが、現在はNBAと同じ大きさに合わせて作られています。
ちなみに女子の6号ボールが72.4cm~73.7cmとなります。
6号72.4cm、NBA74.9cm、7号78cmで比較したらNBAが6.5号と言われるのも納得ですね。
NBA：SPALDING
FIBA：molten「BG5000」
以前はNBAもFIBAも同じデザインのボールでした。
同じタイミングでデザインが変わったのですが、NBAの選手会が拒否をしたことで昔からのデザインのボールをNBAは使っています。

〇3Pライン

FIBA：6.6m～6.75m
NBA：6.71m～7.24m
NBAの方が最大で約50cm長いです。
0度10cmの差ですね。

〇コート

NBA：縦（サイドライン）28.6m、横（エンドライン）15.24m
FIBA：縦28m、横15m
実質同じ大きさになります。
誤差はアメリカがインチで計るからでしょうかね。

〇ベンチ

FIBA：コートからベンチに向かって右が白
NBA：コートからベンチに向かって左がホームチーム
なぜか反対ですね。なぜでしょうか？

〇ユニフォームの色

FIBA：向かって右（ホームチーム）が白
NBA：各チームが4色用意し、ホームチームが色を選択、アウェイチームが被らない別の色を選択
ホーム（ロケッツ）赤、アウェイ（バックス）黒なども可能

〇個人ファウル

NBA：6個で退場
FIBA：5個で退場
時間が20％アップしているので個人ファウル数も20％アップしているのだと思います。

〇タイムアウト

細かいルールは置いといて、ざっくり説明します。
FIBA：1回60秒、前半2個、後半3個、延長1個、コーチが請求。
NBA：1回75秒、1試合で7個、延長戦2個。ボールを持つ選手のみ請求可能。Qごとに二回オフィシャル（マンダトリー）タイムアウト。
ざっくり言うと、NBAの方がタイムアウトがいっぱいあります。

〇背番号

FIBA：00、0～99
NBA：00、0～55（56以上はリーグ申請が必要）
実質、一緒ですね。
現役の有名どころだとルカ・ドンチッチが77番を使っています。
おそらく、ヨーロッパ時代につけていた7番をドワイト・パウエルが使っているから77番にしたのだと思います。

〇フリースローで外のプレイヤー

NBA：シューターの手からボールが離れたら、3Pラインの外からプレイヤーが入ってもいい。
FIBA：ボールがリングに当たるまで、3Pラインの外のプレイヤーは入ってはいけない。

〇フリースローのタイミングでのメンバー交代

NBA：フリースローとフリースローの間で交代
FIBA：一投目のボールが審判の手から離れるまで、または最後のフリースローが決まった時

〇オフェンスファウルの基準

個人的な感覚での判断です。実際は不明です。
NBA：正面からトルソー（胴体）に突っ込めば、ほとんどオフェンスファウルです。いつも争点はノーチャージングエリアに足がかかっていたかどうかです。
FIBA：オフェンス側が避けられるように一歩の距離を空けて止まらないといけません。審判やってて、いつもこの判断が難しい。NBAの方が判断基準が楽です。
上記を理由にFIBAよりもNBAの方がオフェンスファウルが多いです。

〇ジャンプしたディフェンスへのシュートファウル

NBA：自分から当たりに行ってもシュートファウル。（シリンダー無視？）
FIBA：自分から当たりに行ったらノーファウル。（シリンダー優先）
これがNBA見てて一番の違和感。自分から無理やりあたりに行ってるのに、全部シュートファウルになっています。

〇ゴールテンディング？インターフェア？

FIBA：シュートしたボールがリング上にある時にオフェンス側は触れていい。
NBA：シュートしたボールがリング上にある時にオフェンスもディフェンスも触れてはいけない。

〇コーチングチャレンジ

今シーズン（2019-20）からNBAで適用された新ルールです。
当然、FIBAにはまだありません。
詳しく説明すると長くなるので、ざっくり説明します。

ファウルした時等にすかさずタイムアウトを取って、コーチがチャレンジを申請します。
判定が取り消されます。
成功しても失敗しても一回使えばおしまいです。

〇バックボード

FIBA：上下辺・側面に当たってもOK。
NBA：上下辺・側面に当たったらヴァイオレイション。だった気がする。違ったらごめんなさい。

〇ディフェンス3秒オーバータイム

NBA：オフボールマンのディフェンスは、マークマンのワンハンドから離れてペイントエリアに留まると、相手チームにフリースロー1投が与えられる。
FIBA：そんなルールは存在しない。

〇オフェンス5秒オーバータイム

FIBA：ディフェンスにプレッシャーをかけられている状態で、ボールを5秒保持するとヴァイオレイション。
NBA：フロントコートでリングに背を向けて5秒以上ドリブルしたらヴァイオレイション。
同じ5秒なのに、全然ルールが違いますね。

【感想】

個人的な記憶ベースでの違いなので、間違っていたらごめんなさい。
うーん、まだいっぱいありそうですね。
今度ルールブックを見比べてみます。